PDFtkというツールがある
https://www.pdflabs.com/tools/pdftk-the-pdf-toolkit/

いくつかのフレーバがあり、
GUI版のPDFtk freeは窓版しかないようだ

コマンドライン版のPDFtk Serverはプラットフォームフリーのようだ

QPDFというコマンドラインツールもある
http://pdf-file.nnn2.com/?p=865
http://qpdf.sourceforge.net/

こちらは、印刷制限のかかったPDFの制限解除ができるようだ
https://reject.tokyo/qpdf-delete-pdf-guard/
https://www.virment.com/how-to-set-password-pdffile-using-qpdf/

qpdf --encrypt userpass ownerpass 40 -- mypdf.pdf output.pdf

というわけで当面は、QPDFを使うことにした