前回、気になったFAT32によるSDカードの領域がWindows10からは64MBしか見えないという点について調べてみました。
こちら
FAT32Pi: Windows PC と Raspberry Pi でSDカードを共用
http://qiita.com/UedaTakeyuki/items/1b9708cd40d5f83d4b7c
要は、RPが認識するブート領域としてのFAT32はそれだけで十分であり、ブートされたのちに読み込まれるデバイスがext4という領域を再度読みに行くようになるらしい。
そういうわけで、ブートローダがおかれる領域としてはその程度あれば十分なので、あとはHDDなどにLinux本体を入れても構わないようです。その辺はこちらにあります。
純規の暇人趣味ブログ
Raspberry PiをUSB(HDD)で起動させる
https://jyn.jp/raspberrypi-usb-boot/
いろいろと工夫できるところが楽しいですね。