Raspbian/jessieのアップデートには標準で指定されていたサーバをそのまま使用していましたが、日本のJAIST、筑波、山形の各大学にもミラーサーバがあるので、そちらに変更しました。
毎週、ラズパイを起動するたびに、apt-get updateをしていますが、毎回何やら変更されています。それだけたくさんの人たちがfor the betterのために係っているのですね。
以下のサイトを参考にしました。
rasbianでapt-get updateがうまく行かない場合の可能性について
Raspbian Mirrors