RのパッケージはRStudioで検索してクリックするだけだったのだが、3.4.1にアップグレードしてからエラーが出るようになった。

調べてみたら、どうやらRのパッケージもひとつのLinuxライブラリとして扱われているようだ。つまりアップデートの設定をしておけば他のCRANパッケージと一緒にアップデートされるらしい。

AskUbuntu:R and RStudio installation and package error