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改めてRStudioで日本語PDFを出力する

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これまで何度もやってきて何度も行き詰まり、その都度メモを残してきたが、敵も進歩するのでいつも同じ方法で通用するわけではない。

そこで、今回も「また」苦労したので、整理しておこう。

環境

Linux Mint 19.2
RStudio Server Version 1.2.5001

結局こういうこと

1. システム環境(TexLive関連パッケージをインストール)

sudo apt install texlive, texlive-lang-japanese, texlive-latex-extra, texlive-xetex

2. RStudioの環境設定

  1. tinytexをインストール
install.packages('tinytex')
library(tinytex)
install_tinytex()
  1. Global Options > Sweave > PDF Generation > Typeset LaTeX into PDF usingで XeLaTeX

3. ドキュメントの設定

Rmdファイルを開いたらYAMLのフロントマターに以下を追記

output:
   pdf_document:
      latex_engine: xelatex
header-includes:
   - \usepackage{bookmark}
   - \usepackage{xltxtra}
   - \usepackage{zxjatype}
   - \usepackage[ipa]{zxjafont}

なお、YAMLフロントマターについてはこちらが参考になる。

RStudio-Serverを更新する

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RStudioはDesktop VersionとServer Versionとがあるが、Linuxを使っていると、どちらも使える。
一人で使うなら、大した違いはないが、Server版はブラウザがクライアントソフトとして使えるため、日本語文字化けに強いため、あえてServer版を使っている。

さて、RStudioはなぜか他のパッケージのように、sudo apt-get updateの中に入ってこないので、自分でコマンド叩いて対応することになる。

こちらを参考にしました。
* Upgrading RStudio Server
* Download RStudio Server v1.1.383

Ubuntu17.04でRStudioの日本語入力ができない：サーバー版で解決

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16.10のときは特に問題なかったが、いまのところ解決策は不明だが、とりあえず対応するためにメモっておく。

１.最初の対応

検索したらこちらがヒットしたので試してみた。

いくやの斬鉄日記::Ubuntu 16.04 + Fcitx + RStudio 1.0で日本語を入力する方法
http://blog.goo.ne.jp/ikunya/e/8508d21055503d0560efc245aa787831

が、結局、RStudioのコマンドラインでは日本語入力は作動しないまま(´・ω・｀)

２.次の対応

RStudio Supportのページ
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/205605748-Using-RStudio-0-99-with-Fctix-on-Linux

うまくいかず、１に誘導されてしまった。

３.さらに

Ubuntu 14.04上のRStudio 0.99で日本語入力をする
http://webfun.tech/input-ja-rstudio099-on-ubuntu14/

情報が少し古いがこれもだめでした。

あぁ、困った。(´・ω・｀)

４．こうなれば奥の手

RStudioにはDesktop版とServer版があって、いずれも個人ユースならFree。もちろんOpen Source。
Server版はLinuxサーバ上のRStudioにブラウザからアクセスして使うようになっているらしい。
ということは、ブラウザが日本語を受け付ける限り、サーバ側でのIMEの問題はクリアできるかもしれない・・・と淡い期待。

RStudioご本家のサイト
を拝見すると簡単にインストールもできそうなので、早速挑戦してみた。

$ sudo apt-get install r-base
$ sudo apt-get install gdebi-core
$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.0.153-amd64.deb
$ sudo gdebi rstudio-server-1.0.153-amd64.deb

既にRは最新版がインストールされているし、gdebi-coreもかつてインストールしたことがあるので、３行目でダウンロードして、４行目でインストールという流れ。

いったんDesktop版のRstudioをUninstallする。

$ sudo apt-get remove rstudio

その後、

$ sudo gdebi rstudio-server-1.0.153-amd64.deb

が思ったより早く終わる。

ブラウザを起動して、

http://localhost:8787/

で認証を尋ねてきたので、いつものIDとパスワードを入れたら、ブラウザにRStudioの画面が(^o^)

（注）
gdebiはローカルにあるdebファイルをインストール用途。依存関係も処理してくれるらしい。

Ubuntu16.10サポート期限切れ

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アップデートばかりしていたUbuntu16.10
いろいろ勉強させられたが、apt-getしても何も更新しなくなった。
おかしいなと思ってピンときたのは、サポート期限切れ。
７月までがサポートだったが、まだ２日残しているのに・・・といいつつ、Ubuntuのページを調べると、

https://wiki.ubuntu.com/ZestyZapus/ReleaseNotes/Ja

こちらにアップグレードの方法が載っていた。

マニュアル通りすると、Pythonが壊れていますというメッセージが。
あぁ、またPythonか、先日リンクとかいろいろ触ったので、こわれたかな・・・(´・ω・｀)

/usr/bin/pythonのリンクが、変なテキストになっていた。

そこで、

ln -s python2.7 python

として再度チェックしたら、無事にシンボリックリンクが完成。

最後に、sudo do-rerease-upgrade をたたいて更新開始。

OSのインストールは無事に終わるも、次にアプリケーションのインストールの段階で、いくつかエラーが出る。
エラーを出しているのは、

/usr/bin/pyclean

からのよう。これもPythonのコードなので、開いてみたら、トップの設定が

#! /bin/python

となっている。前回の16.10と違って17.04ではPython3がデフォルトになっているが、どうもアプリレベルのスクリプトの設定はPython2が前提となっているものもあるので、ここをあえて、

#! /bin/python2

と変えてやると、うまくインストールが進んだ。

ついでに、RとRStudioのUpgradeも。

Rは、/etc/apt/sources.listの中にある、CRANへのリンクがUbuntu更新時に無効化されているので、新たにzesty.zapasを設定して、apt-get updateすれば終わり。

RStudioはサイトから最新ファイルをダウンロードしてそのファイルをクリックすると、Ubuntu Softwareが起動してインストールしてくださるというありがたいお話。

そういうわけで、今日からUbuntu17.10/zesty.zapasのユーザです。

追記2017/07/30

VMware Horizon Clientも3.5から4.5にアップグレード。
１．https://my.vmware.com/jp/web/vmware/details?downloadGroup=CART17Q2_LIN64_450&productId=578&rPId=17224#product_downloads
からファイルをダウンロード。
２．ダウンロードしたbundleファイルを使って、
sudo ./xxxx.bundle -u vmware-horizon-client
で古いバージョンをアンインストール。
３．同じbundleファイルを使って、
sudo ./xxxx.bundle
でインストール。その際、余計なオプションは全部オフ。

で完了。一度かなり苦労しただけに、今回はとてもスムーズに行った。